Honecker đã cưới vợ 3 lần. Sau khi được phóng thích vào năm 1945 ông đã lấy bà cai tù Charlotte Schanuel[42] - người qua đời vào năm 1947. Từ năm 1947 ông ở với vợ mới là cán bộ FDJ Edith Baumann cho tới khi ly dị vào năm 1953. Họ có một con gái, Erika (sinh vào năm 1950) - người đã sinh cho ông một đứa cháu ngoại, tên là Anke. Sau khi bà đại biểu quốc hội Margot Feist sinh cho ông một người con gái không hôn thú vào tháng 12 năm 1952, Sonja, bà Edith Baumann đã làm đơn li dị ông vào năm 1953. Cùng năm đó bà Margot Feist trở thành người vợ thứ ba của ông. Margot Honecker có hơn 20 năm làm Bộ trưởng Giáo dục Cộng hòa Dân chủ Đức. Từ cuộc hôn nhân của Sonja với ông Leonardo Yáñez Betancourt năm 1974 Honecker có được thêm một người cháu ngoại, Roberto Yáñez Betancourt y Honecker.[43] Margot, vợ của Honecker, con gái ông - bà Sonja, con rể ông Leonardo Yáñez Betancourt (đã lị dị vợ vào năm 1993), cùng cháu ngoại ông, Roberto bây giờ sống ở Santiago de Chile.[44]

Có tin cho rằng Tổng bí thư Honecker đam mê săn bắn và đã trực tiếp tham gia săn bắn một số loại thú. Vì ý thích của ông các loại thú ở các nước cộng sản lân cận được cung cấp cho những bữa tiệc đi săn thường xuyên của ông.[45]